1. Struktura i princip rada: Plinska kromatografija-masena spektrometrija (GC-MS) je uređaj koji plinskom kromatografu dodaje detektor masene spektrometrije. Plinski kromatograf koristi plin kao plin nosač, zagrijava i isparava uzorak u plinsku fazu, te ga prenosi duž kromatografske kolone do detektora. Plinska kromatografija-maseni spektrometar također koristi plin kao plin nosač za zagrijavanje i isparavanje uzorka u plinovitu fazu. Međutim, nakon kromatografije, molekule uzorka ionizira izvor iona, stvarajući protok iona koji se prenosi na detektor spektrometrije mase radi detekcije. Nakon analize od strane analizatora, signal se bilježi detektorom kako bi se dobila informacija o sastavu uzorka. Stoga plinska kromatografija-masena spektrometrija ima dvostruku prednost plinske kromatografije-masene spektrometrije.
2. Osjetljivost i razlučivost: Zbog dodavanja sloja detektora masene spektrometrije na vrhu plinskog kromatografa, osjetljivost i razlučivost spektrometra masene kromatografije veće su od onih spektrometra masene kromatografije. Plinska kromatografija-spektrometrija mase može analizirati složenije uzorke i detektirati spojeve s vrlo niskim sadržajem.
3. Cijena: U usporedbi s plinskim kromatografima, plinska kromatografija-masena spektrometrija (GC-MS) ima dodatni sloj detektora masene spektrometrije, tako da je i njezina cijena viša od cijene plinske kromatografije. Prikladno za situacije u kojima se postavljaju visoki zahtjevi na točnost detekcije, dubinu analize i osjetljivost u istraživanju.
Ukratko, plinska kromatografija-masena spektrometrija (GC-MS) kombinira plinsku kromatografiju-masenu spektrometriju (GC-MS) s detektorom masene spektrometrije, koji može analizirati složenije uzorke uz veću osjetljivost i razlučivost. Pogodan je za situacije u kojima je potrebna visoka točnost detekcije, dubina analize i osjetljivost u istraživanju, ali je i cijena veća.